Prawidłowa realizacja procesu dydaktycznego i podejmowanych badań naukowych zagwarantowana jest poprzez wdrożenie i ciągłe doskonalenie systemu zarządzania jakością w szczególności poprzez określenie odpowiedzialności władz AMW i zaangażowanie wszystkich pracowników w zakresie takich celów jakościowych jak:
- wychowanie zawodowe słuchaczy poprzez kształtowanie postaw, praworządności, zdyscyplinowania, wysokiej etyki zawodowej i odpowiedzialności
- rozbudowa oferty edukacyjnej oraz aktualizowanie programów i treści nauczania podporządkowanych potrzebom obronności Państwa oraz współczesnej gospodarki
- rozszerzenie zakresu badań naukowych ukierunkowanych na zapewnienie obronności Państwa, zwłaszcza Marynarki Wojennej RP oraz gospodarki narodowej
- wzrost efektywności pracy oraz zadowolenia z pracy pracowników AMW.
W AMW został udokumentowany, wdrożony i jest utrzymywany System Zarządzania Jakością zgodny z wymogami międzynarodowej normy ISO 9001:2000 oraz normy ISO 22000:2005. Skuteczność i efektywność systemu zarządzania jakością jest nieustannie doskonalona – w odniesieniu do wymagań i oczekiwań Klientów oraz wymagań wynikających z przepisów prawa.
W celu efektywnego zarządzania jakością w AMW zostały zdefiniowane następujące procesy główne realizowane w ramach systemu zarządzania jakością:
- Kształcenie PR-01
- Prace naukowo-badawcze PR-02
- Produkcja bezpiecznej żywności PR-03
oraz procesy pomocnicze:
- Zakupy PR-05
- Zarządzanie zasobami PR-06
- Zarządzanie jakością, utrzymanie i doskonalenie SZJ.
Jasno określona została kolejność i powiązania między tymi procesami.

Potwierdzeniem zgodności Systemu Zarządzania Jakością z wymaganiami ISO 9001:2000 oraz ISO 22000:2005 jest certyfikat przyznany AMW przez Biuro Certyfikacji Polskiego Rejestru Statków S.A. w dniu 12.02.2009 r. Ważność certyfikatu upływa 11.02.2012 r.
Akademia Marynarki Wojennej posiada również Certyfikat Uznania wydany przez Ministerstwo Gospodarki Morskiej w dniu 01.07.2006 r. nadający uprawnienia do szkolenia kadr morskich ważny 5 lat (STCW).
AKREDYTACJEOd stycznia 2002 roku działa Państwowa Komisja Akredytacyjna powołana przez Ministerstwo Edukacji Narodowej i Sportu, która obejmuje obowiązkową oceną jakości wszystkie kierunki studiów oferowane przez szkoły wyższe w Polsce.
Akredytacja akademicka to najważniejsza metoda oceny jakości kształcenia w szkołach wyższych. Celem akredytacji jest potwierdzenie, czy uczelnia spełnia określone standardy i kryteria jakości kształcenia oraz przeprowadzenie oceny, której wyniki będą służyły poprawie jakości.
W trakcie akredytacji ocenie podlega misja uczelni oraz sposób i rezultaty jej realizacji,
a więc program studiów i organizacja procesu nauczania, warunki studiowania (zaplecze dydaktyczne i socjalne, biblioteka, komputeryzacja), kwalifikacje kadry nauczającej i prowadzone przez nią badania naukowe, troska o miejsca pracy dla absolwentów i inne. Akredytacja środowiskowa powstaje z inicjatywy uczelni zainteresowanych oceną i podnoszeniem jakości kształcenia, jest wyrazem troski środowiska o jakość nauczania. Akredytacja środowiskowa jest dobrowolna, zaś postępowanie akredytacyjne pozwala na wyłonienie tych kierunków studiów, które wyróżniają się wysoką jakością. Informacja o tym, czy dana uczelnia posiada akredytację, umożliwia także dokonanie świadomego wyboru takiej szkoły wyższej, która dostarcza wiedzy oraz kształtuje umiejętności i postawy pozwalające na dobre wykonywanie zawodu. Ocena Państwowej Komisji Akredytacyjnej jest obligatoryjna; negatywna – decyzją Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego - powoduje zniesienie lub cofnięcie uprawnień do kształcenia na danym kierunku studiów.
W przyszłości pracodawca będzie zapewne szukał absolwentów z dyplomem szkoły, która podjęła wyzwanie poddania się ocenie jakości i uzyskała odpowiedni certyfikat.
Państwowa Komisja Akredytacyjna dokonała pozytywnej, ważnej 5 lat, oceny jakości kształcenia na kierunku mechanika i budowa maszyn.
Kształcenie na kierunkach nawigacja oraz mechanika i budowa maszyn spełnia wymogi określone standardami nauczania na tych kierunkach, wymogi określone konwencją STCW 78/95 (Międzynarodowa Konwencja o Wymaganiach w Zakresie Wyszkolenia Marynarzy i Wydawania Świadectw oraz Pełnieniu Wacht) oraz oczekiwania Ministerstwa Obrony Narodowej.
W uznaniu wysokiej jakości kształcenia, następujące jednostki organizacyjne AMW uzyskały akredytacje:
Wydział Dowodzenia i Operacji Morskich:
- Certyfikat Państwowej Komisji Akredytacyjnej dla kierunku bezpieczeństwo narodowe na lata akademickie 2008/2009 do 2013/2014.
Wydział Mechaniczno-Elektryczny:
- Certyfikat Państwowej Komisji Akredytacyjnej dla kierunku mechanika i budowa maszyn na lata akademickie 2005/2006 do 2011/2012.
Wydział Nauk Humanistycznych i Społecznych:
- Certyfikat Państwowej Komisji Akredytacyjnej dla kierunku pedagogika na lata akademickie 2006/2007 do 2009/2010.
